Während bei der LASIK ein kurzer Schnitt in das oberste Gewebe der Hornhaut notwendig ist, um es dann abheben zu können, wird dieses Gewebe bei der LASEK mittels Einwirkung eines Alkoholkonzentrats abgelöst. Das geht folgendermaßen von statten, nach der örtlichen Betäubung der Augen, durch die Gabe von narkotisierenden Augentropfen, wird eine Ethanolkonzentration auf das Ephitel geträufelt. Nach einer kurzen Einwirkzeit lässt sich dieses von der darunter liegenden Hornhaut lösen und beiseite schieben. Nun wird die deformierte Hornhautoberfläche passend zur gewünschten Sehstärke hin geschliffen. Man verwendet auch hier wie bei der LASIK den Excimer-Laser um diese Präzisionsarbeit durchführen zu können.

Dieser Eingriff dauert meist nicht länger als eine Minute und im Anschluss daran wird das abgelöste Ephitel wieder auf seinen Platz gesetzt, um dort in den folgenden Tagen wieder anzuwachsen. Schutz bietet derweil eine Verbandslinse.
Unmittelbar nach der Operation erfolgt noch eine gründliche Untersuchung und Erfolgskontrolle des Eingriffs. Ungefähr eine Woche lang müssen regelmäßig Augentropfen angewandt werden, um das Auge vor Austrocknung zu schützen und einen schnellen Heilungsprozess zu fördern.